Med letoma 1995 in 1999 je bila Bratuškova svetovalka za malo gospodarstvo na ministrstvu za gospodarstvo, nato pa je bila 12 let zaposlena na ministrstvu za finance, kjer je bila najprej, od leta 1999 do 2003, vodja oddelka za področje kmetijstva, financ in vladnih služb v sektorju za proračun. Od leta 2003 do 2005 je omenjeni sektor vodila, od leta 2005 do leta 2011 pa je bila generalna direktorica direktorata za proračun.